Su función principal en su primera etapa era servir de laboratorio a las futuras maestras que realizaban sus estudios en el Internado Normal de Señoritas, que ocupaba la planta alta del edificio.

En su planta baja, se encontraba la Escuela de Aplicación de Señoritas, escuela modelo de la Reforma Vareliana, en la que realizaban su práctica las alumnas del internado.

Actualmente es el único museo pedagógico en el mundo.

Exposiciones

Las galerías muestran la historia del edificio y sus orígenes al servicio de la Reforma Vareliana, desde la creación del Internado.

Además muestran la evolución de la escuela en el país exhibiendo mobiliario, documentos, útiles escolares y pertenencias de instituciones y personajes de la educación.

Otros servicios: 

• Centro de documentación
• Cursos relacionados con pedagogía y didáctica 
• Taller de escritura "De pluma y tinta" 
• Para los más pequeños rincón de disfraces 
• Valija didáctica: el museo va a las escuelas, con coordinación previa 

Se desarrolló un sitio web con una variedad de recursos educativos virtuales que permite visitar, conocer y jugar con el Museo Pedagógico.